DOI: 10.1051/lait:2001129

Lait 81 (2001) 257-262

Utilisation d'une technique d'empreinte moléculaire dans l'étude d'écosystèmes microbiens complexes. Application à la fabrication d'un fromage au lait cru "l'AOC Salers "

Jean-Jacques Godon^a, Frédérique Duthoit^b, Céline Delbès^a, Liliane Millet^b and Marie-Christine Montel<sup>b

a</sup>  Laboratoire de Biotechnologie de l'Environnement, INRA, avenue des étangs, 11100 Narbonne, France
^b  Laboratoire de Recherches Fromagères, INRA, 36 rue de Salers, 15000 Aurillac, France

Abstract
Use of molecular fingerprint for the study of complex microbial ecosystem. Application to AOC Salers cheese . SSCP technique (Single Strand Conformation Polymorphism) linked to molecular identification of the microflora based on 16S rDNA sequence allowed to perform a molecular fingerprinting of microbial ecosystems. Without cultural step this fingerprint carried out the characterisation of the microbial diversity, the comparison of closed microflora. The dynamic of the microflora can be followed either by the 16S rDNA molecules for the presence of micro-organisms or by the 16S rRNA molecules for the activity of microorganisms. These new possibilities were shown either on the cheese "AOC Salers" or on anaerobic digestor microflora.

Résumé
L'article présente la technique de SSCP (Single Strand Conformation Polymorphism) associée à une identification moléculaire de la microflore basée sur la séquence de l'ADNr 16S. Cette technique permet d'obtenir une empreinte moléculaire des écosystèmes microbiens. Cette empreinte permet de caractériser sans mise en culture la diversité d'une microflore, de comparer des microflores semblables, d'en suivre la dynamique en terme de présence grâce à l'ADNr 16S et/ou en terme d'activité grâce à l'ARNr 16S. Ces nouvelles possibilités sont illustrées par des exemples pris sur la microflore d'un fromage AOC Salers ou à défaut sur la microflore d'un digesteur anaérobie.

Key words: 16S rDNA / Salers cheese / SSCP / lactic acid bacteria

Mots clés : ADNr 16S / Salers / SSCP / bactérie lactique

Correspondence and reprints: Jean-Jacques Godon Tél. : (33) 4 68 42 51 54 ; fax : (33) 4 68 42 51 60 ; e-mail : godon@ensam.inra.fr

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