Expression différentielle des deux gènes du locus clpP-clpL de Oenococcus oeni

Abstract
Expression of Oenococcus oeni clpP-clpL locus in response to environmental conditions. The Oenococcus oeni lactic acid bacterium, mainly responsible for malolactic fermentation during winemaking processes, is confronted with various stresses including the presence of ethanol or low pH. The tolerance of this bacterium to stress is essential for its growth in wine. Comprehension of mechanisms involved in stress response is required for the control of malolactic starters. One of these mechanisms is based on the synthesis of stress proteins. This study deals with clp genes, which were known to play a central role in stress response and also in microbial development. The genome of O. oeni contains two genes surprisingly located in the same locus, encoding ClpP and ClpL proteins. The aim of this work was to characterize the clpP-clpL locus and the transcriptional expression during growth and following stress. In order to quantify the transcript ratios, a quantitative real-time reverse transcription-PCR experiment was set up. Finally, the regulation mechanisms of the O. oeni stress genes were discussed.

Résumé
La bactérie lactique Oenococcus oeni, souvent responsable de la fermentation malolactique lors du processus de vinification, est confrontée à de multiples stress, tels que la présence d'éthanol ou un pH faible. La tolérance de cette bactérie vis-à-vis de ces stress est essentielle à sa croissance dans un milieu vin donc la maîtrise des levains malolactiques nécessite l'étude et la compréhension des mécanismes impliqués dans la réponse au stress. L'un de ces mécanismes repose sur la production de protéines de stress et parmi ces dernières, la famille des protéines Clp joue un rôle majeur tant lors de stress qu'au cours de la croissance. Le gène clpP a été identifié chez O. oeni I.O.B. 8413. Il faut remarquer l'organisation génétique atypique de ce locus. En effet, chez O. oeni, le gène situé en aval de clpP code une protéine similaire à une Clp-ATPase de la classe ClpL. L'objectif de ce travail a été de caractériser le locus clpP-clpL et d'étudier son expression au niveau transcriptionnel suite à un stress et au cours de la croissance. Afin de pouvoir quantifier de façon relative l'expression des gènes de stress, la technique de PCR quantitative en temps réel a été mise en oeuvre. Enfin, des mécanismes potentiels de régulation des gènes de stress chez O. oeni sont proposés.