Cartographie génomique de quelques souches de laboratoire de Lactococcus lactis

Abstract - Chromosome mapping of some laboratory Lactococcus lactis strains
A combined physical and genetic map of the chromosome of Lactococcus lactis subsp lactis IL 1403 was established. The restriction map was constructed for the Not / , Apa / and Smal enzymes. The restriction fragments were ordered by using the random-integrative plasmid pRL1 and by indirect end-labeling experiments. The IL 1403 chromosome was found to be circular and 2 420 kb in size. Twenty-seven chromosomal markers were mapped on the chromosome by hybridization experiments with gene probes of Lactococcus lactis and of various other bacteria. Integration of pRC1-derived plasmids via homologous recombination allowed a more precise location of some lactococcal genes as well as the determination of their orientation on the chromosome. Recurrent sequences such as IS elements and rRNA gene (rrn) clusters were also mapped. At least 7 copies of the IS1076 sequences were present and were located in 50% of the chromosome. In contrast, no copy of ISS 1RS could be detected. Six ribosomal operons were found on the IL 1403 chromosome; 5 were located within 16% of the chromosome and transcribed in the same direction. A comparison of the physical maps of L lactis subsp lactis IL 1403 and DL 11 strains showed that these 2 strains are closely related and that the variable regions are located mainly near the rrn gene clusters. In contrast, despite major restriction pattern dissimilarities between L lactis IL1403 and MG1363, the overall genetic organization of the genome seems to be conserved between these 2 strains.

Résumé - Nous avons entrepris la construction d'une carte physique et génétique du génome des deux souches de Lactococcus lactis les plus étudiées au niveau moléculaire : les souches IL1403 et MG1363. Les fragments de restriction NotI, ApaI et SmaI ont été ordonnés grâce à l'emploi du plasmide intégratif pRL1 combiné à des expériences de marquage terminal indirect; 27 marqueurs chromosomiques ont été localisés par des expériences d'hybridation avec des sondes homologues ou hétérologues, et dans certains cas leur position précise et leur orientation ont été déterminées à l'aide du plasmide intégratif pRC1. Six opérons ribosomiques ont été détectés dans le chromosome de la souche IL1403 : 5 sont regroupés dans 16% du chromosome et sont transcrits dans la même direction. Chez la souche IL1403, au moins 7 copies de la séquence d'insertion IS1076 ont été localisées alors qu'aucune copie de l'ISS 1RS n'a été mise en évidence. Une comparaison des cartes physiques des souches L lactis subsp lactis IL1403 et DL11 montre que ces 2 souches sont étroitement reliées et que les régions variables sont localisées principalement à proximité et entre les opérons ribosomiques. Bien que les cartes physiques de L lactis MG1363 et IL1403 diffèrent sensiblement, l'organisation génétique globale du génome semble conservée entre les 2 souches.