Lait 84 (2004) 145-154
DOI: 10.1051/lait:2003045

Monitoring of bacterial evolution and molecular identification of lactic acid bacteria in smoked salmon during storage

Cinta Rachman^a, Angélique Fourrier^a, Abdoulaye Sy^a, Marie France De La Cochetiere^b, Hervé Prevost^a and Xavier Dousset<sup>a

a</sup>  Unité de Recherche Qualité Microbiologique et Aromatique des Aliments, ENITIAA, rue de la Géraudière, BP 82225, 44322 Nantes Cedex 3, France
^b  INSERM Unité 539, CHU Nantes, Nantes, France

(Published online 12 December 2003)

Abstract
The microflora of cold smoked salmon (CSS) consists of Gram-negative bacteria such as Photobacterium, Vibrio and Shewanella, and Gram-positive bacteria from the genera Carnobacterium, Lactobacillus and Brochothrix. In this work, 5 series of CSS samples from different suppliers were stored for 1 week at 4 °C and 4 weeks at 7 °C. The enumeration of lactic acid bacteria (LAB) from each sample was carried out every week followed by isolation. Molecular identification was carried out on isolates obtained from 15 CSS samples stored at refrigeration temperature for 14 to 35 d. 158 Gram-positive bacteria were identified by PCR using specific primers and PCR-RFLP on the 16S-23S rDNA intergenic spacer region (ISR). 28 Carnobacterium piscicola strains, 15 Cb. divergens strains, 81 Lactobacillus curvatus strains and only 1 Lb. sakei strain were identified. In addition, 33 Gram-positive catalase-positive isolates were identified as Brochothrix thermosphacta. The modification of bacterial diversity in CSS during storage was also monitored by using the temporal temperature gradient gel electrophoresis (TTGE) technique. The migration allowed both Gram-positive bacteria (Cb. piscicola, Cb. divergens, Lb. curvatus, Lb. sakei and B. thermosphacta) and Gram-negative bacteria (P. phosphoreum and S. putrefaciens) to be differentiated. All the bacteria species (Cb. piscicola, Lb. curvatus and P. phosphoreum) identified after culture could be specifically detected by TTGE.

Résumé
Étude de l'évolution bactérienne et identification moléculaire des bactéries lactiques du saumon fumé au cours de sa conservation. La flore du saumon fumé est constituée d'une flore Gram négatif composée principalement des genres Photobacterium, Vibrio et Shewanella et de bactéries à Gram positif des genres Carnobacterium, Lactobacillus et Brochothrix. Cette recherche a concerné 5 séries d'échantillons de saumon fumé de différentes usines conservées 1 semaine à 4 °C et 4 semaines à 7 °C. Le dénombrement des bactéries lactiques a été réalisé chaque semaine sur chaque échantillon suivi par des isolements. L'identification moléculaire spécifique de ces isolats a été conduite sur 15 échantillons conservés pendant une durée de 14 à 35 j. 158 isolats de bactéries Gram positif ont été identifiés en utilisant amorces spécifiques et PCR-RFLP sur la séquence intergénique 16S-23S rDNA. Ce travail a donc permis d'identifier 28 isolats de Carnobacterium piscicola, 15 isolats de Cb. divergens, 81 isolats de Lactobacillus curvatus et un isolat de Lb. sakei. De plus, 33 isolats Gram positif catalase positif ont été identifiés comme étant des souches de Brochothrix thermosphacta. Le changement de la diversité bactérienne dans le saumon fumé pendant le stockage a été suivi par la méthode TTGE (temporal temperature gradient gel electrophoresis). La migration des bactéries de références a permis de différencier les bactéries Gram positif (Cb. piscicola, Cb. divergens, Lb. curvatus, Lb. sakei et B. thermosphacta) mais aussi les bactéries Gram négatif (P. phosphoreum et S. putrefaciens). Toutes les bactéries (Cb. piscicola, Lb. curvatus et P. phosphoreum) identifiées par culture peuvent aussi être détectées par TTGE.

Key words: Smoked salmon / lactic acid bacteria / 16S-23S rDNA intergenic spacer region / TTGE

Mots clés : Saumon fumé / bactérie lactique / région intergénique 16S-23S rDNA / TTGE

Correspondence and reprints: Xavier Dousset dousset@enitiaa-nantes.fr

© INRA, EDP Sciences 2004