Numerical evaluation of the species groupings among the classical propionibacteria

Abstract - Numerical analyses were used to evaluate the species groupings among the classical Pro-pionibacterium species based on 147 strains from a dairy and an anaerobic environment. A data set of 74 phenotypic characters, determined using standardized API systems, were included. The Jaccard and Sokal and Michener coefficients as well as dendrogram distances were used to broaden the method of delineating the clusters. One-, two- and three-dimensional plots were created and each strain clustered in relation to its closest relatives. Numerical data at similarity levels of S_J = 0.43 and S_SM = 0.71, respectively, as well as PCR / RFLP data, revealed a separation of the 4 classical Propionibacterium species, confirming the major species as documented by Cummins and Johnson (1986). Each major grouping consisted of 2 or more clusters and many were linked at a lower level to loose lying strains. From the dendrogram groupings, it was also clear that even though these strains could be placed in 1 of the 4 classical species using the present identification key, the clustering positions were in many cases different. The strains with the lower similarities were identified to a specific species, but in many cases this did not agree with the clustering position. In the cases of the strains clustered away from the type strains, identification was confirmed using the PCR / RFLP data and this aided in confirming the identification status in terms of to which of the 4 classical species the strain was affiliated.

Résumé - Évaluation numérique des espèces de bactéries propioniques classiques
Des analyses numériques ont été utilisées pour évaluer les regroupements d'espèces parmi les bactéries propioniques classiques, à partir de 147 souches d'origine laitière ou provenant d'environnement anaérobie. Soixante-quatorze caractères phénotypiques, déterminés à l'aide de systèmes API standardisés, ont été inclus. On a utilisé les coefficients de Jaccard et de Sokal et Michener ainsi que les distances sur le dendogramme pour regrouper les souches en fonction de leur proximité. Les données numériques au niveau de similarité S_J = 0,43 et S_SM = 0,71 respectivement, ainsi que les données PCR / RFLP ont montré une séparation des 4 espèces classiques de Propionibacterium confirmant les espèces majeures décrites par Cummins et Johnson (1986). Chaque regroupement majeur consistait en 2 clusters ou plus et plusieurs d'entre eux étaient liés à un niveau plus bas à des souches dispersées. À partir des regroupements sur le dendrogramme, il était également clair que même si ces souches pouvaient être placées dans l'une des 4 espèces classiques à l'aide de la présente clé d'identification, les positions dans les clusters étaient dans plusieurs cas différentes. Les souches avec la plus faible similarité étaient identifiées à une espèce spécifique, mais, dans plusieurs cas, cela n'était pas en accord avec la position dans le cluster. Dans le cas des souches retirées des clusters des souches types, l'identification était confirmée à l'aide des données PCR / RFLP et cela permettait de confirmer l'identification en terme d'affiliation à l'une des 4 espèces classiques.